يعود تاريخ النزاع البحريني القطري إلى عام 1937 حينما هاجمت القوات القطرية منطقة الزبارة التي كانت تابعة للبحرين، والواقعة ضمن شبه الجزيرة القطرية في الناحية الشمالية الغربية منها.
وفقا للبحرين فإن قطر لم تكتف بانتزاع الزبارة المقر الأصلي لآل خليفة الأسرة الحاكمة في البحرين، بل سعت للسيطرة على مجموعة جزر حوار وجزيرة فشت دبل وجزر أخرى صغيرة تابعة للبحرين تشكل في مجموعها ثلث مساحة البحرين.
في عام 1937 تدخلت بريطانيا التي كانت تفرض حمايتها على أجزاء واسعة في الشاطئ الشرقي لشبه الجزيرة العربية في النزاع بين قطر والبحرين وتمت تسوية النزاع وترسيم الحدود بينهما على النحو الذي ما زال قائمًا حتى اليوم.
في شهر أبريل عام 1986 أنزلت قطر قواتها على جزيرة فشت الدبل البحرينية (وفشت هي كلمة فارسية تعني الأراضي المغمورة بالمياه)، والتي تقع إلى الشمال الشرقي من جزيرة البحرين الرئيسية، حيث احتجزت 29 من الموظفين وعمال البناء الذين كانوا يعملون في إنشاء مخفر لشرط السواحل،
وتدخلت السعودية فيما بعد، حيث أدت وساطتها للإفراج عن المحتجزين بعد 17 يومًا وواصلت وساطتها لاحتواء الخلاف. في فترة لاحقة نجحت السعودية في تشكيل لجنة ثلاثية برئاسة الملك فهد بن عبد العزيز وعضوية كل من أمير البحرين عيسى بن سلمان آل خليفة، وأمير قطر خليفة بن حمد آل ثاني هدفها البحث عن حل ودي للخلاف.
في عام 1987 وافق الطرفان بشكل مبدئي على إطار مبادئ للحل اقترحته السعودية، والذي نص على أنه إذا لم تنجح المفاوضات بين الطرفين للتوصل إلى اتفاقية شاملة لتسوية الخلاف يقوم الطرفان باجراء مفاوضات لاحقة لتقرير أفضل السبل للوصول إلى تسوية عن طريق القانون الدولي.
تقول البحرين أنه في عام 1990 استغلت قطر القمة الخليجية التي عقدت في الدوحة لبحث مسألة احتلال العراق للكويت ونجحت في انتزاع توقيع البحرين على اتفاق بناء على المبادئ التي اقترحها الملك فهد، والذي بموجبه اتيحت الفرصة أمام السعودية لإيجاد حل للنزاع الحدودي بين البلدين على أن يسمح لكلا الطرفين برفع النزاع إلى محكمة العدل الدولية في لاهاي بهولندا.
في 8 يوليو 1991، متسلحة بهذا الاتفاق ودون الإعلان رسميًا عن فشل الوساطة السعودية، توجهت قطر بشكل منفرد إلى محكمة العدل الدولية في لاهاي، التي تعد أعلى سلطة قضائية في إطار منظمة الأمم المتحدة،
وطالبت المحكمة تأييد رغبتها في إعلان السيادة القطرية على جزر حوار وجزيرتي فشت الديبل وقطعة جرادة وإعادة ترسيم الحدود البحرية الفاصلة بين قيعان الأراضي والمياه اللاصقة لها والعائدة لكل من قطر والبحرين.
في 8 أغسطس 1991 تقدمت البحرين بطلب وتبعته بآخر في 14 أكتوبر 1991 لدى مسجل محكمة العدل الدولية طعنت فيهما بأساس الاختصاص الذي استندت إليه قطر، كما اعترضت على تقدم قطر بشكل منفرد إلى المحكمة الدولية.
في الوقت ذاته قدمت البحرين طلبًا لتضمين القضية مطالبتها هي بمنطقة الزبارة التي احتلتها قطر عام 1937، بالإضافة إلى مواقع هيرات اللؤلؤ ومصائد الأسماك وبعض النقاط ذات العلاقة بالحدود. في عام 1992 اشتد الخلاف بين الطرفين عقب إعلان أمير قطر السابق خليفة بن حمد آل ثاني قرارًا يقضي بتحديد حدود المياه الإقليمية لبلاده بـ 44.4 كيلومتر،
مما يعني شمول حوالي 10 جزر واقعة تحت السيادة البحرينية ضمن الحدود القطرية. حددت محكمة العدل الدولية تاريخ 28 سبتمبر 1992 لتقديم قطر وثائقها إلى المحكمة، كما حددت اليوم التالي 29 سبتمبر موعدا لتقديم البحرين وثائقها.
في يوليو 1994 أصدرت المحكمة الدولية حكما حول الخلاف القائم بشأن اختصاصها وقبولها النظر في قضية تحديد الحدود البحرية والمسائل الإقليمية بين الدولتين، حيث قبلت المحكمة الصيغة البحرينية المطالبة بالنظر في جميع نقاط الخلاف التي أصبح عددها خمس نقاط وهي:
جزر حوار، فشت الديبل وعين جرادة، خطوط أساس الأرخبيل، الزبارة، هيرات اللؤلؤ ومصائد الأسماك السابحة وغيرها من المسائل ذات العلاقة بالحدود البحرية، وحددت المحكمة تاريخ 30 نوفمبر 1994 موعدًا نهائيًا لتقديم الطرفين جميع نقاط الخلاف الخلاف وجوانبه للمحكمة.
في 17 مارس 2001 أصدرت محكمة العدل الدولية في لاهاي حكمها النهائي بخصوص النزاع الحدودي بين البحرين وقطر وهو: بالاجماع تقرر المحكمة بأن دولة قطر لها السيادة على الزبار، تقرر المحكمة بأن للبحرين السيادة على جزر حوار.
بالاجماع تذكر المحكمة بأن سفن دولة قطر لها في المياه الإقليمية للبحرين بين جزر حوار والجزر البحرينية الأخرى حق المرور السلمي الذي ينص عليه القانون الدولي الطبيعي، لقطر السيادة على جزيرة جنان بما فيها عججينان، لدولة البحرين السيادة على جزيرة قطعة جرادة، بالاجماع جزيرة فشت الديبل تحت سيادة دولة قطر،
تقرر المحكمة بأن الحدود البحرية الموحدة التي تقسم المناطق الاقتصادية الحصرية لقطر والبحرين يجب أن تحدد وفقا لفقرة 250 من القانون.
