تميّز أقدم علم يُمثّل آل خليفة باللون الأحمر فقط. ولكن في القرن التاسع عشر قُسّم العلم إلى الأحمر والأبيض من دون المثلثات ليتمّ لاحقاً إضافة ثمانية منها تُشير إلى المعارك التي جرت بين البحرين والدول المجاورة أو حتى لتمييزه عن الدول الأخرى ذات الأعلام المشابهة.
في 17 فبراير 2011، جرى تعديل عدد المثلثات فأصبحت خمسة تُمثّل أركان الإسلام الخمسة.
